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    中心实行“1+3+5+X”的组织架构,“1”为领导决策机构——理事会;“3”为管理控制机构——理事会领导下的专家委员会、学术委员会和首席战略科学家;“5”为职能保障机构——中心设立的秘书处、技术部(创新研究院)、学科发展与队伍建设部、社会服务部、保障部;“X”为任务执行机构。
 
理事会:为中心的战略决策机构。由协同单位的负责人和相关领域知名人士组成。主要负责协同创新中心章程制定、重大事项决策,并根据战略目标任务需求,统筹协调各种创新要素的长期汇聚。
首席战略科学家:为理事会领导下的责任首长,首席战略科学家由理事会聘任,在理事会领导下负责中心的全面工作。
专家委员会:为业务指导和咨询机构。由各方面的研究专家和技术专家组成。负责协同创新中心各项计划的指导和咨询,负责任务选题、计划实施、风险预测、策略研制、优化评价、分析决策等方面的论证、评估和技术指导。
学术委员会:为学术事务决策机构。主要由学术造诣深厚、科学态度严谨、实践经验丰富的专家组成。负责学术事务决策,研究方向的把握和确立,研究任务的督导,研究过程、结果评估,人员、团队、项目、机构等的考核评价,提出评价和考核意见。
技术部:依托成立创新研究院,负责核心技术研发与支持。主要由拔尖创新人才和各协同单位的核心专家组成。设健康国家风险防范预警实验室,作为技术部(创新研究院)的支撑实体。下设4个工作室:问题预测工作室、治理策略工作室、评价优化工作室、决策分析工作室。
秘书处:负责中心运作的综合协调管理。主要由各高校、卫生行政部门及业务机构、地方政府的有关人员组成。主要负责中心的日常事务管理、综合协调、信息发布,请示事项的提交、决策事项的部署和落实等。
学科发展与队伍建设部:负责促进学科发展和团队建设。包括制定实施依托学科的总体发展规划和针对性发展计划、人才团队的建设规划和重点人才个性化培养计划。
社会服务部:负责学术成果的转化与助推。包括治理策略和治理方案的政策转化、实践评价、推广应用,基于中国原创,推进改革试点,创造中国经验。
保障部:负责中心的日常运转保障、资源统筹。包括人财物等资源保障,收集、统筹提供各类信息等。
创新团队:中心共建10个协同创新团队,设计了“AB角互验”的协同创新模式,即初期由2个协同创新团队负责1个子领域的研究,随着重大协同创新任务的拓展,再逐步实现每个协同创新团队负责1个子领域的研究,同时进行AB角互验。